Kemoterapija lahko vpliva na proces rekonstrukcije na več načinov.
Nekateri kemoterapevtiki lahko podaljšajo celjenje ran, povečajo verjetnost pooperativnega vnetja in povzročajo splošno slabše telesno počutje, kar lahko spremeni potek rekonstrukcije.
V večini primerov je kemoterapija odložena za obdobje 6 tednov po operaciji, ko se tkiva intenzivno celijo. V primeru, da je kemoterapija potrebna pred posegom, je s posegom potrebno počakati 4-6 tednov od zadnjega cikla kemoterapije.